มีอำนาจดังต่อไปนี้
1. เป็นศูนย์กลางข้อมูลสารสนเทศด้านการมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหารทั้งในประเทศและต่างประเทศ
2. วางระบบเครือข่ายเพื่อพัฒนาข้อมูลสารสนเทศให้สามารถเชื่อมโยงผู้ประกอบการ หน่วยงานของรัฐ และหน่วยงานระหว่างประเทศให้มีความทันสมัย และทันต่อเหตุการณ์
3. แจ้งข้อมูลและข่าวสารที่อาจมีผลกระทบต่อระบบมาตรฐาน ต่อการค้าระหว่างประเทศและต่อความปลอดภัยของผู้บริโภคและประชาชนแก่หน่วยงานที่เกี่ยวข้องภายในประเทศและหน่วยงานระหว่างประเทศตามพันธกรณี
4. ให้บริการข้อมูลและข่าวสารแก่ประชาชนและส่วนราชการเพื่อสร้างความเข้าใจเกี่ยวกับมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหาร และเพื่อประโยชน์ในการคุ้มครองผู้บริโภคและประชาชน
5. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

มีอำนาจดังต่อไปนี้
1. เสนอนโยบาย มาตรการ แผนงาน โครงการ ตลอดจนประสานงานกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้องทั้งในและต่างประเทศในการกำหนดมาตรการ และในการแก้ไขปัญหาด้านมาตรฐานและคุณภาพสินค้าเกษตรและอาหาร
2. ศึกษา วิเคราะห์ วิจัย และสนับสนุนการวิจัยเพื่อพัฒนาคุณภาพและความปลอดภัยของสินค้าเกษตรและอาหาร
3. ศึกษา วิเคราะห์ และวิจัยเกี่ยวกับการประเมินความเสี่ยงของสินค้าเกษตรและอาหารเพื่อประโยชน์ในการกำหนดมาตรการนำเข้าและการส่งออกระหว่างประเทศ
4. จัดลำดับความสำคัญผลิตภัณฑ์และสินค้าที่ต้องการให้มีการควบคุมคุณภาพและจัดลำดับความสำคัญการรับรองผู้ผลิตและผู้ประกอบการ
5. เป็นหน่วยงานกลางในการประสานงานระหว่างภาคเอกชนกับภาครัฐในเรื่องมาตรฐานและคุณภาพสินค้าเกษตรและอาหาร
6. เป็นหน่วยงานกลางในการกำหนดท่าทีในเวทีโลก การเจรจาต่อรอง การแก้ไขปัญหาเกี่ยวกับมาตรฐาน คุณภาพ และข้อกีดกันทางการค้าสินค้าเกษตรและอาหารระหว่างประเทศ การดำเนินการภายใต้ความตกลงว่าด้วยการบังคับใช้มาตรการสุขอนามัยและสุขอนามัยพืชภายใต้องค์การการค้าโลก รวมทั้งส่วนที่เกี่ยวข้องกับสินค้าเกษตรและอาหารภายใต้ความตกลงว่าด้วยอุปสรรคทางเทคนิคต่อการค้า
7. ดำเนินการเกี่ยวกับงานเลขานุการคณะกรรมการมาตรฐานสินค้าเกษตรและงานเลขานุการร่วมคณะกรรมการอาหารแห่งชาติ
8. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

มีอำนาจดังต่อไปนี้
1. ดำเนินการเกี่ยวกับการจดทะเบียน และการอนุญาตให้แก่ผู้ผลิต ผู้ส่งออก และผู้นำเข้าสินค้าเกษตร ตามมาตรฐานบังคับ รวมทั้งการขึ้นทะเบียนผู้ประกอบการสินค้าเกษตร ที่เกี่ยวข้อง
2. ตรวจสอบและดำเนินการกับผู้กระทำความผิดตามกฎหมายว่าด้วยมาตรฐานสินค้าเกษตร
3. ศึกษา วิเคราะห์ และกำหนดมาตรการ แผนงานควบคุมการตรวจสอบ และพัฒนาระบบการบริหารจัดการ เพื่อดูแลคุณภาพมาตรฐานและความปลอดภัยสินค้าเกษตร
4. กำกับ ดูแล ตรวจสอบ และดำเนินการตามกฎหมายว่าด้วยมาตรฐานสินค้าเกษตร กำหนด ณ ด่านข้ามพรหมแดนประเทศไทย
5. เป็นศูนย์กลางในการติดต่อประสานงาน และปฏิบัติงานการควบคุม กำกับ ดูแล สินค้าเกษตร
6. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

มีอำนาจดังต่อไปนี้
1. ปฏิบัติงานสารบรรณของสำนักงาน
2. ดำเนินการเกี่ยวกับงานช่วยอำนวยการและงานเลขานุการของสำนักงาน
3. ดำเนินการเกี่ยวกับการเงิน การบัญชี การงบประมาณ การพัสดุ อาคารสถานที่ และยานพาหนะของสำนักงาน
4. บริหารงานทรัพยากรบุคคลและจัดระบบงาน รวมทั้งการฝึกอบรมและพัฒนาข้าราชการและพนักงานราชการของสำนักงาน
5. ดำเนินการเกี่ยวกับการสร้างเสริมวินัยและพัฒนาระบบคุณธรรมของสำนักงาน
6. ดำเนินการเกี่ยวกับงานกฎหมายและระเบียบที่เกี่ยวข้อง งานนิติกรรมและสัญญางานเกี่ยวกับความรับผิดทางแพ่งและอาญา งานคดีปกครอง และงานคดีอื่นที่อยู่ในอำนาจหน้าที่ของสำนักงาน
7. ประชาสัมพันธ์และเผยแพร่กิจกรรมของสำนักงาน
8. ดำเนินการอื่นใดที่มิได้กำหนดให้เป็นอำนาจหน้าที่ของส่วนราชการใดของสำนักงาน
9. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

มีอำนาจดังต่อไปนี้
1. รับรองระบบงานหน่วยตรวจสอบรับรองด้านสินค้าเกษตรและอาหาร
2. ดำเนินการออกใบอนุญาต พักใช้ และเพิกถอนใบอนุญาตผู้ประกอบการตรวจสอบมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหาร รวมทั้งขึ้นทะเบียนห้องปฏิบัติการทดสอบสินค้าเกษตรและอาหาร
3. ศึกษา วิจัยและพัฒนารับบรับรองมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหาร
4. ประสานงานกับองค์การระหว่างประเทศด้านการรับรองระบบงานและด้านการตรวจสอบมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหาร รวมทั้งการประสานความร่วมมือและเจรจาทำความตกลงความเท่าเทียมด้านการรับรองระบบงาน
5. ปฏิบัติงานภายใต้กฎหมายที่เกี่ยวข้องกับการรับรองระบบงาน
6. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

มีอำนาจดังต่อไปนี้
1. ศึกษา วิเคราะห์ วิจัย ประเมินความเสี่ยง และประเมินข้อมูลทางวิชาการเพื่อประโยชน์ในการกำหนดมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหารภายในประเทศและระหว่างประเทศ และเพื่อสนับสนุนการเจรจาในระดับทวิภาคีและพหุภาคี
2. เสนอการกำหนดมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหารของประเทศต่อคณะกรรมการมาตรฐานสินค้าเกษตร และร่วมกำหนดมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหารในระดับระหว่างประเทศ และระดับภูมิภาค
3. ประสานงานกับหน่วยงานภายในประเทศและองค์การระหว่างประเทศที่เกี่ยวข้องกับมาตรฐานของสินค้าเกษตรและอาหาร ได้แก่ โครงการมาตรฐานอาหารระหว่างประเทศภายใต้ความร่วมมือระหว่างองค์การอาหารและเกษตรแห่งสหประชาชาติกับองค์การอนามัยโลก องค์การโรคระบาดสัตว์ระหว่างประเทศ สำนักงานอนุสัญญาว่าด้วยการอารักขาพืชระหว่างประเทศ และองค์การระหว่างประเทศอื่นๆ
4. ศึกษาและวิเคราะห์เพื่อประเมินความเท่าเทียมของมาตรฐานและกฎระเบียบเพื่อสนับสนุนการทำความตกลงความเท่าเทียมของมาตรการทางการค้ากับประเทศคู่ค้า
5. ส่งเสริมและพัฒนาผู้มีส่วนเกี่ยวข้องทั้งภาครัฐและภาคเอกชนให้มีองค์ความรู้ด้านการมาตรฐานและระบบคุณภาพของสินค้าเกษตรและอาหาร รวมทั้งให้สามารถนำไปใช้อย่างมีประสิทธิภาพ
6. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

มีอำนาจดังต่อไปนี้
1. ดำเนินการเกี่ยวกับการตรวจสอบด้านการบริหาร การเงิน และการบัญชีของสำนักงาน
2. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

มีอำนาจดังต่อไปนี้
1. เสนอแนะให้คำปรึกษาแก่ผู้อำนวยการเกี่ยวกับยุทธศาสตร์การพัฒนาระบบราชการภายในสำนักงาน
2. ติดตาม ประเมินผล และจัดทำรายงานเกี่ยวกับการพัฒนาระบบราชการภายในสำนักงาน
3. ประสานและดำเนินการเกี่ยวกับการพัฒนาระบบราชการร่วมกับหน่วยงานกลางต่างๆ และหน่วยงานภานในสำนักงาน
4. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

มีอำนาจดังต่อไปนี้
1. จัดทำแผนงานและมาตรการ เกี่ยวกับการส่งเสริมและพัฒนาการมาตรฐาน
2. ส่งเสริมและพัฒนาบุคลากรผู้เกี่ยวข้องภาครัฐและเอกชนให้นำมาตรฐานของสำนักงานมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหารแห่งชาติ ไปใช้อย่างมีประสิทธิภาพ
3. ส่งเสริมและสนับสนุนในรูปแบบต่างๆ เพื่อให้หน่วยงานภาครัฐ เอกชน และองค์กรภาคประชาชน เช่น สหกรณ์ กลุ่มเกษตรกร องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น มีขีดความสามารถในการส่งเสริมการผลิต การแปรรูป การขนส่ง การเก็บรักษา และการจัดจำหน่ายสินค้าเกษตรคุณภาพมาตรฐานอาหารปลอดภัยทั้งในและต่างประเทศ
4. ส่งเสริมการใช้มาตรฐานสินค้าเกษตร (มกษ.) สำหรับเกษตรกร และการให้ความรู้ด้านมาตรฐานสากลแก่หน่วยงานต่างๆ
5. รณรงค์ ส่งเสริม เผยแพร่ และประชาสัมพันธ์ให้ผู้บริโภคทั้งภายในและต่างประเทศตระหนักถึงความจำเป็นในการบริโภคสินค้าเกษตรคุณภาพมาตรฐานอาหารปลอดภัย ตลอดจนผู้เกี่ยวข้องให้ความสำคัญกับโครงการอาหารปลอดภัยตลอดห่วงโซ่อาหาร รวมทั้งการโฆษณาประชาสัมพันธ์เครื่องหมายรับรองมาตรฐาน
6. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

มีอำนาจดังต่อไปนี้
1. ศึกษา วิเคราะห์ เพื่อจัดทำข้อเสนอแนะ เชิงนโยบาย ยุทธศาสตร์ มาตรการ และประสานการดำเนินงานเกี่ยวกับด้านมาตรฐานความปลอดภัยสินค้าเกษตรและอาหาร
2. วิเคราะห์ จัดทำวิสัยทัศน์ นโยบาย และแผนปฏิบัติการของหน่วยงานให้สอดคล้องกับแผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ นโยบายของรัฐบาล นโยบายของกระทรวง
3. ศึกษา วิเคราะห์ข้อมูลเพื่อจัดทำแผนงานโครงการและงบประมาณในการขับเคลื่อนงานด้านมาตรฐานความปลอดภัยสินค้าเกษตรและอาหาร
4. ศึกษา วิเคราะห์ข้อมูลเพื่อจัดลำดับความสำคัญผลิตภัณฑ์และสินค้าที่ต้องการควบคุมคุณภาพและจัดลำดับความสำคัญการรับรองผู้ผลิตและผู้ประกอบการ
5. ดำเนินการในฐานะฝ่ายเลขานุการคณะกรรมการมาตรฐานสินค้าเกษตรและงานเลขานุการร่วมคณะกรรมการอาหารแห่งชาติ
6. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย